• InnoDB 有行级别的锁，而 MyISAM 只能锁定到表级别。
• InnoDB 有更好的故障恢复机制。
• InnoDB 实现了事务、外键和关系限制，MyISAM 没有.

总的来说，引用完整性和事物才是数据库的本质，所以说：“MyISAM is a file system that understands SQL. There’s no comparison. If you want a database engine with MySQL, use InnoDB.”

聚簇索引

MyISAM 没有使用聚簇索引，InnoDB 使用了聚簇索引。

参考

1. https://dba.stackexchange.com/questions/1/what-are-the-main-differences-between-innodb-and-myisam

2. InnoDB versus MyISAM: no comparison

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